Еще совсем недавно (особенно в приморских странах) была широко распространена перевозка лошадей водным транспортом. Лошадей перевозят в трюмах кораблей, где их размещают в оборудованных стойлах или специальных открытых контейнерах, или на верхней палубе. В последнем случае используют закрытые контейнеры, своего рода денники.
Грузят лошадей на корабль при помощи подъемного крана. Животных заводят сначала в специальный контейнер с открывающимися передними и задними дверцами, а затем подъемным краном переносят этот контейнер в трюм корабля. Если в трюме заранее подготовлены стойла, то лошадь выводят из контейнера и размещают в отведенном ей стойле.
При перевозке на небольшие расстояния лошадь можно оставлять в контейнере, прочно прикрепляя последний к полу трюма. В этом случае значительно сокращается время на погрузку и выгрузку лошадей. При перевозке на верхней палубе, что обычно делают летом, их на берегу заводят в специальный закрытый контейнер (денник), поднимают его краном, устанавливают и закрепляют на палубе. В последние годы на многих относительно коротких морских линиях перевозят лошадей непосредственно в спецавтобусах, которые въезжают в трюм морского парома. Этот способ сокращает общее время транспортировки животных и исключает возможные травмы при погрузке подъемным краном.
При хорошей безветренной погоде перевозка лошадей судами не вызывает никаких проблем. Животные обычно хорошо себя чувствуют, не теряют аппетита. При шторме некоторых лошадей укачивает, общее состояние их ухудшается, они отказываются от корма, часто ложатся. Поэтому при длительной перевозке кораблем для лошадей надо устраивать относительно просторные станки, в которых они смогли бы ложиться.
Если перевозка морем длится не более суток, то лошадей можно кормить лишь сеном. Обычно же норму овса сокращают до 2 кг в сутки и ежедневно дают запаренную кашу из отрубей, льняного семени и овса. Находясь в море, лошади много пьют, и поэтому ведра с водой должны быть постоянно наполненными, или же поить животных нужно 4-5 раз в сутки. Если нет качки, то лошадей кормят 3 раза в день, а сено дают без ограничения. В штормовую погоду исключают концентраты, но поить желательно 4-5 раз в сутки.