Возвращаясь к вопросу о развитии государственного коннозаводства, следует отметить, что вплоть до середины XIX в. оно, несмотря на организационные преобразования, продолжало оставаться отграниченным от нужд улучшения массового коневодства. Основными задачами государственных конных заводов оставались обеспечение императорского двора лошадьми и поставка конского ремонта в армию. Правда, еще в 1796 г. была сделана первая попытка организации государственных случных конюшен, в которых частные владельцы могли бы случать своих кобыл с "добрыми" жеребцами, взятыми из дворцовых заводов. Однако на случные конюшни поступили лишь ненужные в заводах малоценные жеребцы русско-немецких пород, которые не заинтересовали владельцев кобыл. Тогда обеспечение привода кобыл на случные конюшни возложили на губернскую полицию, которая по обыкновению начала действовать силой, но и это не помогло. Постепенно дело захлебнулось в бюрократической переписке и было оставлено.
Тяжелые войны, которые Россия вела в начале XIX в., особенно Отечественная война 1812 года, потребовали очень большого числа лошадей. С одной стороны, это способствовало развитию частного верхового коннозаводства, так как обеспечивало постоянный сбыт его продукции. К 1814 г. в России уже было 1339 частных конных заводов, имевших 281 584 матки и 22 146 жеребцов. Однако, с другой стороны, начали иссякать казавшиеся неисчерпаемыми ресурсы степных украинских лошадей, которыми комплектовались регулярная легкая кавалерия, а также артиллерия и обозы. Постепенно украинские лошади стали встречаться все реже, сильно поднялись в цене и к концу первой четверти XIX в. исчезли. Остались лишь их потомки в конных заводах, да у кубанских казаков в виде упоминавшейся ранее черноморской породы.
В связи с затруднениями с получением достаточного числа хороших ремонтных лошадей в 1807 г. возникла проблема восстановления военных конных заводов. Оно было осуществлено в 1819 г. Был создан специальный Комитет об управлении военно-конскими заведениями и ему подчинены Починковский, Скопинский, Деркульский, Стрелецкий, Лимаревскии и Новоалександровский военные конные заводы. Из них Починковский Нижегородской губернии и Скопинский Рязанской губернии были основаны как дворцовые еще в XVII в., а с 1796 г. были государственными. Деркульский существовал с 1767 г. Остальные три завода открыты заново в XIX в. Стрелецкий построен в 1801-1805 гг., укомплектован лошадьми из Деркульского, Скопинского, Починковского и некоторых дворцовых заводов. Лимаревскии конный завод построен в 1818-1822 гг. Комплектование его лошадьми, отобранными в Деркульском и Стрелецком заводах, началось в 1819 г. Новоалександровский завод построили в 1822-1825 гг. Лошади начали в него поступать из основанных ранее Беловодских заводов в 1823 г.*
* (Официальным годом основания ныне существующих конных заводов признаны: Стрелецкого - 1805 г., Лимаревского - 1822 г., Новоалександровского - 1825 г.)
По штату 1823 г. предполагалось иметь в Скопинском и Починковском заводах по 25 жеребцов и 300 кобыл, в четырех Беловодских заводах по 33 жеребца и 400 кобыл, а всего 182 жеребца и 2200 маток. Военные конные заводы должны были давать для гвардейских кавалерийских полков и артиллерии по 526 ремонтных лошадей в год. Кроме них комитету были подчинены около десяти конных заводов военных поселений, а с 1826 г. - две сводные случные конюшни. Число их постепенно было доведено до семи. В соответствии с расширившимися функциями с 1833 г. Комитет об управлении военно-конскими заведениями был переименован в Комитет о коннозаводстве российском. В распоряжение комитета были предоставлены значительные средства. За 12 лет (с 1820 по 1832 г.) для военных конных заводов и случных конюшен были куплены 66 верховых жеребцов из Хреновского конного завода, выведены из Англии 23 жеребца и 27 кобыл, из Персии и Турции 5 жеребцов и 4 кобылы; приводились лошади и из других стран. Всего было куплено лошадей на 1223 561 рубль. Однако, несмотря на то что делались попытки перенять методы заводской работы, выработанные А. Г. Орловым-Чесменским и В. И. Шишкиным, отдача военных конных заводов оказалась очень небольшой. Из-за казенного бездушного отношения к делу, бесхозяйственности и небрежности в заводах получали и выращивали значительно меньше жеребят, чем это было запланировано первоначально. В ремонт поступало ежегодно лишь около одной трети требуемого числа лошадей, причем стоимость их была в несколько раз выше цены, которую платили при покупке ремонтных лошадей у частных коннозаводчиков.
Возглавляли Комитет о коннозаводстве российском такие опытные специалисты, как президент Лебедянского общества Н. А. Лунин и редактор первых русских заводских книг Н. В. Граевский, но весь стиль работы был казенно-бюрократический. Основное внимание обращалось на внешнее благополучие, строгое выполнение многочисленных предписаний, представление бесконечных донесений, в то время как основное дело шло кое-как.
Сетью бюрократических предписаний была окутана и деятельность сводных случных конюшен. Для того чтобы случить кобылу с одним из стоявших здесь высококлассных жеребцов, надо было заплатить от 25 до 100 рублей да еще выполнить множество формальностей, начиная с подачи предварительного ходатайства в комитет. Даже получив разрешение комитета, нельзя было быть уверенным, что приведенная издалека кобыла будет случена. Все зависело от произвольного решения лиц, возглавлявших случную конюшню, которые могли заявить, что та или иная матка "недостойна" быть слученной с ценным казенным производителем, и отправить ее обратно. Легко представить себе, какая возможность злоупотреблений при этом возникала. Кроме того, из-за довольно высокой платы пользоваться казенными жеребцами могли лишь состоятельные коннозаводчики, для крестьян же это было совершенно недоступно.