Порода выведена в конных заводах и на коневодческих фермах Кустанайской области, издавна славившейся развитым табунным коневодством. В 80-х годах XIX века в северо-западной части Казахстана и смежных районах были организованы государственные заводские конюшни (Тургайская в 1887 г., Кустанайская в 1888 г. и Оренбургская в 1890 г.). В зоне деятельности этих заводских конюшен предполагалось ежегодно получать по 10-12 тыс. лошадей - помесей высокого качества, пригодных для армии. В заводских конюшнях содержали большое количество жеребцов-производителей, например в 1894 г. их было 736 (донские, калмыцкие, верховые полукровные).
Однако в условиях господствующего тогда кочевого и полукочевого хозяйства выполнить поставленную задачу не удалось. Из-за отсутствия ветеринарно-зоотехнического обслуживания, недостатка концентрированных кормов и помещений в районах пастьбы табунов жеребцы улучшающих пород часто болели, выбывали из случки и процент благополучной выжеребки от них находился на очень низком уровне (5-8%). Пришлось признать, что табунное коневодство Казахстана в условиях того времени оказалось непригодным для выращивания лошадей каких-либо других пород, кроме казахской.
В 1898 г. при Кустанайской заводской конюшне был создан племенной рассадник по улучшению казахской лошади на основе разведения "в себе". В рассаднике содержали 300 кобыл и 30 жеребцов местной породы. Жеребят отнимали от маток в октябре. Молодняк всех возрастов зимой находился на базово-сарайном содержании, получал в достатке сено и овес. Племенных кобыл пасли в течение всего года, зимой дополнительно подкармливали сеном. За 2-3 поколения казахские лошади в рассаднике стали заметно крупнее: высота в холке у кобыл увеличилась со 135,6 до 143,3 см, соответственно увеличились и другие промеры, лучше стал экстерьер. Выращенные в рассаднике (1898-1920 гг.) казахские кобылы в качестве маточной основы сыграли важную роль в создании кустанайской породы. Клички этих кобыл (Резка, Целлозия, Блондинка, Заманиловка, Гирлянда и др.) часто встречаются в нижних рядах родословных современных кустанайских лошадей.
Начиная с 1908 г. в рассаднике стали скрещивать казахских кобыл с донскими и стрелецкими жеребцами, а полученных помесей спаривали с производителями чистокровной верховой породы. Межпородное скрещивание, проводимое в рассаднике, в отличие от примитивных условий кочевого хозяйства дало хорошие результаты. Трехпородные помеси имели рост 149-153 см, обладали массивным туловищем, крепкими ногами, хорошим здоровьем.
В 1920 г. Кустанайская заводская конюшня и рассадник были преобразованы в государственный конный завод. В Кустанайском конном заводе в конце 20-х и начале 30-х годов в состав производителей входили чистокровные верховые жеребцы, применялось конюшенно-пастбищное содержание, молодняк тренировали и испытывали на ипподроме. Лошади этого завода были типичного верхового склада, среднего роста, крепкой сухой конституции. Резвость их была довольно высокой. Так, жеребец Диктор, 1936 г. (сын чистокровного Терека II), 2400 м проскакал за 2 мин. 39,4 сек., 2000 м - за 2 мин. 12 сек. Лучших жеребцов Кустанайский конный завод оставлял в качестве производителей в своем хозяйстве или передавал в соседний Майкульский конный завод, выделенный в самостоятельное хозяйство из Кустанайского конного завода в 1935 г.
В Майкуле практиковали культурно-табунный способ содержания, косячную случку. Косяки формировали по индивидуальному подбору, жеребят от кобыл отнимали осенью, отъемышей содержали группами в конюшнях с выгульными дворами. Табуны составляли по полу и возрасту: матки, кобылы-годовики, кобылы-двухлетки, жеребчики-годовики и жеребчики-двухлетки. Табуны зимой с тебеневки не снимали, но подкармливали хорошим сеном и овсом. Для укрытия лошадей от зимней непогоды были построены базы и пригонные сараи.
По мере появления в Кустанайском конном заводе помесей II и III поколений по чистокровной верховой породе выяснилось, что поглотительное скрещивание в условиях сурового климата северо-западного Казахстана не дает хороших результатов. Высококровный молодняк плохо рос, лошади были беднокостными и с укороченным корпусом. В связи с этим основным методом разведения не только в Майкульском, но и в Кустанайском конном заводе стало разведение помесей "в себе". Как правило, это были трехпородные верхово-доно-казахские помеси. Именно этот метод создания новой породы при культурно-табунном и конюшенно-пастбищном содержании лошадей оказался успешным.
Наиболее ценный приплод был получен от рожденных в Кустанайском конном заводе жеребцов Зевса (Сон Алтес - Зеркальная), Диктора (Терек II - Даша), Ирбита (Ираклий - Батарея) и жеребцов Майкульского конного завода Таланта (Тапи-Вер - Лань), Букета (Бек II - Культура), Бревлада (Бек II - Гитара). Эти жеребцы стали родоначальниками генеалогических линий новой породы.
Из Кустанайского и Майкульского конных заводов племенных жеребцов и кобыл продавали в значительном количестве для размножения на фермы колхозов и совхозов, где также накапливался фонд новой породы.
В качестве самостоятельной кустанайская порода была утверждена в 1951 г.
В связи с освоением целинных степей под земледелие в 1955 г. Майкульский конный завод был преобразован в зерновое хозяйство, а табуны переведены в Сарытургайский конный завод, расположенный южнее в зоне полупустыни. Там лошадей разводят при табунном содержании. Однако наиболее ценное поголовье по-прежнему сосредоточено в Кустанайском конном заводе, принадлежащем Областной опытной сельскохозяйственной станции, и в соседнем Краснодонском конном заводе.
Для современной кустанайской лошади характерны крепкая сухая конституция, хорошая приспособленность к условиям резко континентального климата и табунному содержанию. Их типичные черты: голова средней величины, с прямым профилем, широким лбом и широкими ганашами; шея прямая, средней длины; холка средней высоты, мускулистая; спина широкая, крепкая; поясница хорошо выполнена мускулатурой; круп средней длины, нередко короткий, нормального наклона, округлый; лопатка длинная, косо поставленная; грудная клетка глубокая, ребра длинные, округлые; ноги сухие, костистые, с хорошо заметными сухожилиями, запястье хорошо развито; пясть и плюсна короткие; бабки средней длины, постановка ног правильная. Из недостатков экстерьера чаще других встречается неглубокий скакательный сустав с разращением головок грифельных костей. Масть рыжая и гнедая разных оттенков, изредка встречаются кустанайские лошади серой масти.
Промеры жеребцов: 154,1 - 154,5-183,4-19,7; промеры кобыл: 150-151,9-179,3-18,9. В Кустанайском конном заводе жеребцы крупнее, их промеры: 160,5-160-188-20,6.
Кустанайские лошади отличаются высокими рабочими качествами - силой, выносливостью и достаточно хорошей резвостью. Рекорды их резвости представлены в таблице 21.
Жеребец Червонец в скоростном пробеге в 1950 г. проскакал 100 км за 4 час. 1 мин. 5 сек. Этот рекорд до сих пор еще не превзойден. Жеребец Табак в том же году прошел под седлом за сутки 280,8 км. В одноконной упряжке жеребец Шторм преодолел 178 км за 15 час, включая время на отдых и кормление в пути. Кустанайские лошади особенно ценны для обслуживания животноводческих ферм в условиях степной и полупустынной зон.
В районах табунного коневодства Казахстана кустанайская порода служит ценным улучшателем местных лошадей. Помеси I-II поколений от казахских кобыл и кустанайских жеребцов имеют рост 145-150 см, тогда как рост неулучшенных лошадей не превышает 140 см.
Совхозы и колхозы Казахстана высоко ценят кустанайских лошадей за их полезные качества, охотно покупают племенных лошадей. Численность породы за последнее время возросла и на 1 января 1969 г. составила 2,1 тыс. чистопородных кустанайских лошадей и 42,3 тыс. помесей.
Таблица 21. Рекорды кустанайских лошадей на 1 января 1972 г